Pada bulan juni 2014, tumor ditemukan di saluran empedunya selama pemeriksaan fisik rutin.

Satoru Iwata memperkenalkan konsol Nintendo DS
Walaupun tumor itu berhasil diangkat dan Iwata bekerja kembali pada bulan Oktober.
Namun, masalah lain tiba-tiba muncul pada awal Juli 2015, dan Iwata meninggal karena komplikasi tumor saluran empedu pada 11 Juli 2015 diusia 55 tahun.
Selama kariernya, Iwata membentuk hubungan yang erat dengan para penggemar NIntendo melalui sosial media dan penampilan rutinnya di Iwata Asks dan Nintendo Direct.
Para anggota industri game dan penggemar mengungkapkan rasa sedih mereka atas kematiannya.
Satoru Iwata, dianugerahi penghargaan prestasi seumur hidup di Golden Joystick Awards 2015 dan DICE Awards 2016.(*)