Setelah masuk ke bangku SMA Hokkaido Sapporo Selatan pada 1975, ia mulai mengembangkan gamenya sendiri pada tahun awal sekolahnya.
Gamesimple dan sederhana yang diproduksi Iwata, seperti Volleyball dan Missile Attack mampu dibuat hanya dengan sebuah kalkulator elektronik.
Masuki tahun 1980, dimana Iwata menjadi salah satu mahasiswa di Institut Teknologi Tokyo dan berhasil bergabung dengan pengembang game HAL Laboratory.
Baca Juga: Nintendo Dikabarkan Mundur Dari Pasar Game Mobile, Kok Bisa?
Selama tahun-tahun awal di HAL Laboratory, ia sukses bekerja sama debagai programmer dan berkolaborasi dengan Nintendo.
Ia memberikan kontribusi yang besar karena mengenalkan permainan EarthBound dan serial Kirby.
Tidak semua hal berjalan mulus, begitulah yang dirasakan oleh HAL Laboratory karena terpaksa harus bangkrut.
Iwata didesak oleh Hiroshi Yamauchi selaku Presiden Nintendo saat itu, untuk menjadi presiden HAL Laboratory pada tahun 1993.
Selama menjabat sebagai presiden HAL Laboratory, Iwata sukses membuat keuangan perusahaan tersebut menjadi stabil.
Pada tahun berikutnya, ia juga membantu mengembangkanPokemon dan serial Super Smash Bros.